Mula awal sekolah Don Bosco Pondok Indah dimulai tahun 1979. Di mana Badan Kontak Alumni sekolah Don Bosco Menado mencetuskan ide mendirikan yayasan yang berorientasi non profit. Beberapa nama pencetus ide antara lain: Ir. Ciputra; Nico Kansil; Henry Sangor; Drs. Albert Runtuwene; Pieter Loho; Gerrad Paat; dll. Nama yayasan yang dipilih Perguruan Henricus Don Bosco. Dan bentuk yayasan yang dipilih adalah yayasan pendidikan formal.

Sekolah Don Bosco Pondok Indah lahir tanggal 4 Juli 1980 disyahkan dengan akte notaris no. 13 oleh notaris Elisa Pondaag. Peletakan batu pertama pembangunan gedung sekolah yang terletak bersebelahan dengan RSPI dilakukan oleh Ketua badan penyantun: Ir. Ciputra.

Sekolah TK mulai operasional th. 1983. Dan ijin operasional diperoleh berdasarkan surat persetujuan Kakanwil Depdikbud DKI Jakarta No. SP 1136/01.IA/1.1985.

SD dan SMP berdiri tahun 1984 dengan ijin operasional dari Dinas Depdikbud DKi Jakarta No. SP. 1862/101.1A/1.1985, tertanggal 12 April 1985. selanjutnya SD dan SMP berdiri tahun 1984 dengan ijin operasional dari Dinas Depdikbud DKi Jakarta No. SP. 1862/101.1A/1.1985, tertanggal 12 April 1985. Sementara jenjang SMA mulai operasional th. 1987, menampung lulusan SMP angkatan pertama. Ijin operasional diperoleh berdasarkan SK Depdikbud No. Kep. 977 A/101-A/1’95.

Perkembangan sekolah Don Bosco saat itu sangat baik. Menuntut pengurus yayasan untuk menyediakan tempat dan sarana lebih memadai. Kemudian pihak Yayasan mengadakan pendekatan kepada pihak Metropolitan Kencana (MK) dan Rumah sakit Pondok Indah (RSPI). Hasil pembicaraan dengan pihak MK dan RSPI melahirkan kesepakatan untuk membentuk yayasan baru: YAYASAN PONDOK INDAH DON BOSCO – yang tetap membawahi sekolah Don Bosco jenjang: TK, SD, SMP, SMA.

Yayasan baru ini dicatatkan pada notaris Miryan Magdalena Indrani Wiardi, SH dengan nomor 28. Pada tahun 1993, Badan Penyantun Yayasan Pondok Indah Don Bosco (YPIDB), berdasar MoU tgl. 15 Desember 1991 memutuskan untuk memindahkan lokasi sekolah ke lokasi baru di Jl. TB. Simatupang. MoU berisi tiga hal penting:

1. Lokasi lama di JL. Taman Duta I – dikembalikan ke MK – dan pihak MK – menyediakan lahan baru yang lebih luas.
2. Luas lahan baru yang disediakan oleh MK = 7782 m2, terletak di Jl. Duta Indah // TB. Simatupang (lokasi baru mulai dibangun th. 1993 – selesai th. 1995. Dengan fasilitas yang lebih lengkap dan memadai.
3. Gedung baru mulai digunakan untuk kegiatan persekolahan pada tahun ajaran 1995/1996. Diresmikan penggunaannya pada tanggal 31 Januari oleh Bp. Ir. Ciputra – sampai sekarang.

VISI:

Bahwa warga bangsa pada umumnya dan khususnya generasi muda/generasi penerus yang cerdas, tangkas dan berkepribadian luhur serta memiliki ketrampilan adalah modal utama bagi bangsa yang mandiri di masa mendatang.

MISI:

Bersama unsur bangsa lain, turut berpartisipasi dalam usaha mencerdaskan kehidupan bangsa, sesuai tingkat usia belajar generasi penerus bangsa Indonesia, untuk mencapai kemampuan mandiri.
Menyiapkan para peserta didik menjadi pribadi yang bersemangat, optimis, kreatif yang memiliki integritas pribadi tinggi dengan landasan kemampuan intelektual, mental,moral dan fisik lebih unggul daripada sekedar memadai, serta bertaqwa kepada Tuhan YME.