문장의 뜻은 빵요님이 다하셨으니 저는 두번째 질문에 대해서 잠시 말해보겠습니다
저도 처음 인니어 공부할때 ber, me, ter 이런것들이 좀 많이 신경이 쓰였는데 위에
쓰신 글들처럼 뜻이 분명히 있고 꼭 사용하셔야 한다고 생각합니다
간단하게 설명해드리면 먄약 ber, me, ter를 빼고 단어 구사를 하게 되면 몇번은
인니어 사용에 문제가 안되겠지만 인니인들과 대화시 semakin(점점더, 갈수록)
대화에 장애를 느끼게 되는것을 느끼게 될거예요
왜냐하면 내용 전달이 반밖에 안되는 단어를 쓰는것도 문제가 되겠지만 진짜 중요한것은
kurang iengkap 즉 다시말해서 완벽하지 못하다는 것입니다
TV 드라마나 뉴스를 자주보세요 분명히 도움이 많이 될것입니다
처음에 인니어를 배울때부터 완벽한 단어를 구사하는 노력을 하는것이 상당히 중요합니다 
Tip:
ambil이라는 단어가 있는데 가져와라 하는 뜻도 있고 어디쪽으로 가라, (예)를 들어보자 하는 뜻으로도 사용됩니다
misalnya ambil contoh aza 이뜻은 예를 들어보자이고 ambil kiri는 왼쪽으로 가자는 뜻으로도 쓰입니다

빵요, 물소님 감사합니다 .!!!

dari semua murid ialah yang pandai 에서 문장이 도치문으로 사용되었죠?
원문은 Ialah (dia adalah 또는 ia adalah) yang pandai dari semua murid이죠 ,여기서 yang은 강조의 의미와 사람을 나타내고 있습니다.
접두사 me....가 뜻이 없는 것이 아니고 me...가 사용된 단어가 있다면 뒤에는 100% 목적어가 온다는 것을 기억하시고 me...에 대한 해석은 .....를/을 로 하시면 OK. menjual 하면 ....를/을 팔다. 다만 구어체에서는 생략되기도 합니다.

Kami ingin memesen sebuah mesin yang belum ada di Indonesia
우리는 인도네시아에 아직 없는 기계 한데를 주문하길 원한다.
memesen=x memesan( pesan = order )

나는 한마리 쥐를 보고 빗자루로 때렸다.
Saya memukul tikus dengan(= pakai, sama... ) sapu setelah ketemu seekor tikus.

Dari semua murid ialah yang terpandai
모든 학생중 그가 가장 똑똑다.
여기서 dari 는 ( ~중에서.. )


me 접두사. ( 타동사 )

설명하려니 복잡한데요.. me-동사 + 목적어... 이렇게 됩니다.
jual = sale
menjual = to sale.

보통 회화체에서는 me 접두사를 빼고 씁니다 그냥.

ber 접두사.( 자동사 )

여러가지 뜻이 있는데요,

1. 사용하다.
kacamata = 안경.
berkacamate = 안경을 쓰다.

2. 소유격
mobil = 자동차
bermobil = 자동차를 소유하고 있다.

3. ~ 하다.
olahraga = 운동.
berolahraga = 운동 하다.

bicara 말
berbicara 말 하다.