위 문제는 마스메라님 설명에 가장 공감을 합니다.
이왕지사 벌어진 일이니 피해를 최소화시키는 방법을 찾아야 하는데
강제 EPO는 절차도 까다롭고 혹 떼려다 더 붙일 수도 있을 것입니다.
추가로 그 기간 동안의 급여, 갑근세 납부 문제 등이 발생할 수도 있습니다.
DPKK 납부 여부와 IMTA원본도 확인 하세요. 추후 KITAS 만료 시
EPO 수속할 수 밖에 없는데 DPKK 납부 영수증과 IMTA 원본이 있어야 할 겁니다.

결론은 친분이 아무리 깊더라도 KITAS 도움을 주지도 받지도 마십시다.

November 님의 1번 추천 합니다.
가급적 조용하게 처리하는게 최고입니다.
서류담당하는 회사내 총무직원 에게도 확실하게 알려두셔야 하고요.

1번처럼 처리하게 되면 조용히 처리가 가능하다는 장점이 있지만, 단지 당해 직원의 세금을 계속 지불해야 한다는 단점이 있고, 스폰서 기간 만료전에 무슨 일이 발생하게 되면 스폰서 회사에게 불이익이 간다는 단점이 있긴 합니다. 그리고 혹여나 이민국 혹은 노동청에서 실사를 나왔을시 해당 직원이 근무를 하지 않는 것으로 파악되게 되면 역시나 불이익이 갈수도 있고요... 참고사항입니다.

몇가지 생각나는 방법들을 올려봅니다.

1. KITAS 만료일 까지 내버려 둔뒤 연장을 해주지 않는다.

    : 회사에 아무런 피해가 되지 않는다면 내버려 두어도 문제 없을듯 합니다.

2. 강제EPO ( EPO tidak kembali )

  : 이민국에 강제 EPO 를 시킵니다.
      강제 ePO 사유로는 해당 직원이 연락이 되지 않아 회사에서 더이상 스폰서를 해줄수 없다 라는 내용임.
      이렇게 강제 ePO 가 된후 해당 직원분이 인도네시아 거주시 = 불법체류로 간주되어 출국시 걸림.
      인도네시아 외부에 계셨을때 EPO 됬을시 = 입국이 불가 됨.


스폰을 협조 받고 있으신 분이 왜 그렇게 나오시는지 알수가 없지만, 법인장님이 더 유리한 위치에 있는것 같습니다.

참고로 회사의 대표이사 서명권는 법인장님이 하시는지요?

물론 강제 EPO가 가능하지만, 스폰서도 그에 따른 과태료를 납부해야 합니다.
이민국에 근무지 이탈신고를 하고 스폰서를 해 줄 수 없다는 보고를 하면 해당 KITAS소지자는 그때부터 불법 체류자가 됩니다. 물론 처리일 부터 불법체류자 신분인 만큼 불법 체류일만큼 Overstay 를 물어야 하고 한달이 넘으면 이민법 위반에 따른 형사처벌을 받게 됩니다. 불법체류일수가 길게 되면 공항에서 벌금 내고 강제추방이 되는 것으로 끝나지 않고 구속 후 재판 받고 실형을 살수게 됩니다.
상대에게 적어도 그런 사실을 알려줘야 하지 않을까요?

또 한가지, 그냥 강제 EPO만 한다고 되는 문제는 아닙니다. 취업비자의 스폰서는 해당 근로자의 신분을 보장하고 근로계약 종료후 귀국까지의 책임을 지도록 노동법에 정해져 있습니다.
그에 따라 이민국은 해당 스폰서에도 과태료를 징수 합니다. 그냥 신고만 하면 끝나는게 아니라, 해당 스폰서도 그에 따른 금전적 손실을 입게 됩니다.

강제 EPO를 하시기 전에 당사자에게 SMS나 메일로 통보를 하시고, 그 통보에도 반응이 없을 때, 강제 EPO를 하시는게 순서 일 듯 싶습니다.

역시나 명성대로 말끔하고 박학다식하신 답변입니다.