전반적으로 칼의노래님 의견에 동의합니다만, 정상 퇴직금 정산은 생각이 다릅니다.
직원이 해고를 유도하기 위해 의도적인 태업 및 지시거부를 했는데 그 직원을 해고하고 정상 퇴직금을 지급한다면, 회사측이 직원의 의도대로 따라준 상황이 됩니다.
이 경우, 다른 직원이 악용할 가능성이 다분해질 거라 생각합니다.
그나마 1년 3개월 근무자라 퇴직금이 적기 때문에 큰 부담은 없기 때문에 그리 정리할 수도 있습니다만, 그 처리가 '전례'로 남게됩니다.
훗날 5년 이상 장기 근속자가 악용할 경우, 타격 및 부담이 훨씬 심각하고, 그보다 더 큰 문제는 그런 일이 언제든지 또 터질 가능성이 상존한다는 부분입니다.

제 생각에는 면담(혹은 협상?)을 통해 합의금을 지급하는 조건으로 자진퇴사 형식으로 정리하시는 편이 낫지 않을까 싶습니다.
물론 협상을 위해 귀책사유에 관한 물적 증거를 최대한 확보하셔야겠고요.
그 합의금이 근속연수를 근거로 한 퇴직금 보다 적어야 바람직하겠지만, 혹시나 더 많더라도 차라리 그 편이 낫다고 생각합니다.
정량화된 합의금은 단기 근무자에게는 유리할 지 몰라도 장기 근속자에게는 불리하고, 회사의 중요자원은 장기 근속자입니다.
근속연수에 비례하는 퇴직금 지급은 장기 근속자를 유혹에 빠지기 쉽게 만들뿐더러, 회사 부담도 시간이 지날수록 점점 증대됩니다.

명량쾌할님께서 좀더 구체적으로 보충 설명이 잘 되신것 같습니다^6^
골치 아픈 직원 한명으로 전체 분위기 그리고 사업하시는분의 정신적 스트레스를 해소하기 위하여는 제가 제시한 금액의 범위 이내에서 1차적으로 잘 타일러고 금액을 낮추어서 서로 합의하면 가장 좋습니다. 위에서 제시한것은 협상의 실패로 인하여 직원이 끝까지 버틸 경우엔 최대로 결론 내릴 수 있는 방법이니 참고 바랍니다.

1. 자세히는 모르겠으나 정황상 귀사의 고용관련 서류에 일정부분 하자가 있어 보이오니 1년 3개월 근무라면 퇴직금 2개월치(월통상임금)및 손해보상금 15% 지급하시고 고용을 종료 하시는게 좋습니다.
2. 일방적 해고일경우 퇴직금 2배를 주어야 하나 지금의 경우는 근무지 이탈, 명령불복종등 근로자의 귀책사유가 많으므로 경고장 1,2,3를 순차적으로 발급하시고 바로 해고조치 하시는게 조직의 분위기상 장기적으로 훨씬 더 나을것으로 판단됩니다. 노동부는 어차피 현지인의 입장에서 대변하는 것이라 저희 같은 외국인 사용자가 의지할 바가 못됩니다.
3. 퇴직금 계산 산식은 아래와 같습니다.(예를 들어 월 통상임금이 3백만루피아 가정시)
    1). 해고보상금: 3,000,000 x 2 x 1 = 6,000,000
    2). 근속보상금: 근무기간 3년 미만이므로 해당없음
    3). 손해보상금: 6,000,000 x 15% = 900,000
    4). 합계: 6,900,000
4.  어차피 지금의 행태를 보면 자진 퇴사 의사는 전혀 없어 보이며 그럴경우 매월 급여가 꼬박꼬박 나가는데다가
    주변 직원들의 근무에도 악영향을 주게 되므로 빠른 조치가 합당하리라 봅니다.
5. 직원 고용시에 정규직(PKWTT) 및 계약직(PKWT)에 대한 구분을 확실하게 서류상으로 작성을 하여 비치하여야
    하며 이에 대한 노동법의 기본적인 지식을 숙지하여 대응하심이 좋을 것으로 사료됩니다.

3개월 견습기간을 가지고 나서 Surat Perjanjian를 1년으로 계약하였는데 지역 노동부 해석이 정규직이라 하내요.
전보 발령에는 이의 없이 회사 지시에 따러야 한다고 명시되어 있습니다.

노동법 상 견습기간 3개월은 계약직에는 부여할 수 없고, 정규직에만 부여할 수 있습니다.
견습기간을 두었다면 정규직으로 뽑겠다는 것으로 간주됩니다.

상기 답변에 잘 요약되어 있네요.
제일 중요한 건 3항에 근무자 무단이탈과 증인자필확인서를 첨부하여 노동부에 해고방안에 대한 해석이 필요합니다. 나머지 부분과 사규에 윗분 지적하신 사항이 명시되어 있는지도 확인할 필요가 있습니다.

얕은 지식이나마 도움을 드리고 싶지만.. 사전정보가 좀 부족하네요..

일단,
1.해당직원이 정규직인지 계약직인지가 먼저 확인필요합니다. 정규직의 경우만 퇴직금 등의 지급여부가 결정됩니다. 계약직이면 잔여기간 급여지급 의무가 있구요.
2.경고장 3회발행시 해당직원의 서명이 되어있는지(본인이 과오를 인정)도 중요합니다. 본인 서명이 필요합니다.
3.오전브리핑후 저녁브리핑까지 사라졌다(??)는 얘기는 근무지 무단이탈로 봐야하는 인사담당은 이에대하여 어떻게 대처하고 있는지도 중요합니다. 상기 내용이 사실이면 사측에서 먼저 관할 노동부담당을 만나셔도 될것 같습니다.
4.몰(SPG) -> 지점 -> 본사트레이닝 이후 다시 다른 몰로의 전보발령을 거부한다는 얘기이신것 같은데... 일반적으로 계약서에 근무지발령관련 회사의 방침을 따른다는 조항이 들어있습니다.. 계약서내용을 먼저 확인해 보세요..