1.비자만료와 체류기간은 별개의날짜 입니다.
5월14일에 입구하셨고, 비자가 60일짜리면 5월14일로부터 60일동안만 체류가 가능하신겁니다. 그이후는 오버스테이비용이 청구 됩니다. 2015년 5월14일에 입국하여 60일이 되는 날짜는 2015년 7월12일 이였네요.

2.크게 문제될거 없어 보입니다.
만약 이민국 직원이 이건을 가지고 뭐라고 하면 VISA만료일과 체류기간을 혼동했고, 그 당시 벌금을 전부 정당하게 부과했다고 이야기하면 될거 같습니다.

8월2일까지만 인도네시아에 들어와야 60일 비자를 허용된다는 것 같네요..8월3일에 들어오셨다면 그때 당시라면 관광비자 30일짜리를 돈주고 사서 들어오셔야 했을것같구요
당시에 오버스테이 계산도 잘못된것 같네요..
14일에 들어오셨다면 7월12일까지가..그 이후부터 8월2일까지의 날짜가 불법체류로 계산되어서 벌금을 지불하셨으면 되었을것 같아요..

재입국에는 별 큰 문제가 없을듯 합니다..

1. 비자 상에 명시된 만료일은 말 그대로 입국 허가(VISA)의 효력이 만료되는 일자입니다.
즉, 비자 상에 명시된 만료일 이전에 해당 국가에 입국해야 입국 허가의 효력이 인정된다는 뜻입니다.
'입국'을 한 이후 얼마나 머무를 것인가인 '체류' 기간과는 별개입니다.
체류 기간은 입국일을 기준으로 하여 계산됩니다.

2. 사안으로 보아 큰 문제는 없을 겁니다.
고의성도 없어 보이고, 그 후 인니를 자주 들락날락 한 것도 아니니 업무를 목적으로 출입국한다는 의심도 받지 않겠네요.
출국 당시 진상 부려서 이민국 직원의 기분을 심하게 상하게 했다면 또 모르지만요.
그 당시 이민국 직원이 '어떤 목적으로 입국하느냐에 따라 불이익이 있을 수도 있다.' 고 얘기한 건, 업무를 볼 목적인데 관광비자나 사회문화비자로 입국하는 걸 경고한 거라고 보시면 되겠습니다.